12月10日,Nucleic Acids Research在线发表了维多利亚老品牌76696vic生物信息学与生物统计系韦朝春教授研究团队的文章“RPAN: rice pan-genome browser for ~3000 rice genomes”(doi: 10.1093/nar/gkw958),硕士生孙晨、博士生胡智强和本科生吕广振为并列第一作者。
RPAN(访问地址http://cgm.sjtu.edu.cn/3kricedb/)以3000株水稻基因组计划(3000 Rice Genomes Project)产生的泛基因组(pan-genome)分析结果为基础,构建了水稻泛基因组数据库和可视化页面。通过水稻泛基因组分析,得到了大约260M新序列和超过12000个新基因。RPAN提供了水稻泛基因组序列、基因注释、表达谱、基因有无、基因功能、品种间演化关系等重要信息,并支持多种便捷的搜索和直观的可视化功能。RPAN把水稻的个体、基因和序列都放在一个泛基因组背景下来研究,为水稻科学研究提供了重要的数据资源宝库和研究支撑工具,对水稻科学和水稻精准育种具有重要的理论和实践指导意义。
该成果与中国农业科学院合作,由维多利亚老品牌76696vic高性能计算中心提供计算支持。维多利亚老品牌76696vic张大兵教授和石建新副研究员也参与了本项目的研究指导。
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